Pada masa itu, PMII lahir karena dibutuhkan untuk menjawab tantangan zaman. Maksudnya apa?
Jadi, organisasi PMII ini bermula dari hasrat kuat para mahasiswa NU untuk mendirikan organisasi yang berideologi Ahlusssunnah wal Jama’ah. Berikut alasan dibentuknya PMII:
1. Carut marutnya situasi politik bangsa indonesia dalam kurun waktu 1950-1959.
2. Tidak menentunya sistem pemerintahan dan perundang-undangan yang ada.
3. Pisahnya NU dari Masyumi.
4. Ketika PSI (Partai Sosialis Indonesia) dan Masyumi dibubarkan oleh Bung Karno, Bung Karno meminta kepada NU untuk mendirikan oganisasi mahasiswa Islam yang 'Indonesia' maka berdirilah Pergerakan Mahasiswa Islam Indonesia
Saat ini, PMII diketuai oleh Agus Herlambang dan memiliki slogan Dzikir, Fikir, dan Amal Saleh.