Sebelum meninggal, Nathanael sempat kritis. Serpihan benda asing menyebabkan robekan-robekan di pembuluh darahnya. Selain itu, kaki Nathanael juga sempat diamputasi lantaran luka parah pada bagian tersebut.
Kini, Nathanael tak lagi merasakan sakit. Usai berjuang keras bersama tim medis Rumah Sakit Bedah Surabaya yang juga telah melakukan berbagai upaya penyelamatan, Nathanael pun pergi.
Kepergian Nathanael pada Minggu malam (13/5/2018) pukul 20.12 WIB menyusul Vincencius Evan (11), kakak kandungnya yang lebih dulu meninggal dalam ledakan di Gereja Santa Maria Tak bercela.
"Kabar duka, baru saja px korban bom a.n. Nathanael dinyatakan meninggal dunia pukul 20.12 setelah menjalani operasi. Teriring doa untuk korban dan keluarga yg berduka," tulis Manajemen RS Bedah Surabaya.
Dengan meninggalnya Nathanael, korban tewas dalam ledakan bom tiga gereja di Surabaya bertambah jadi 14 orang.