Novanto mengajukan gugatan praperadilan atas status tersangkanya. Pihak tergugat adalah Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) yang menangani kasus korupsi e-KTP dengan nilai kerugian negara mencapai Rp2,3 triliun.
Novanto telah dua kali ditetapkan sebagai tersangka dalam kasus tersebut. Namun status tersangkanya gugur saat hakim Cepi Iskandar mengabulkan gugatan praperadilan dia yang putusannya dibacakan pada Jumat (29/9/2017) di Pengadilan Negeri Jakarta Selatan.
Meski kalah praperadilan, KPK terus mengumpulkan bukti keterlibatan Novanto dalam kasus korupsi e-KTP dan kembali menetapkan Ketua Umum Partai Golkar itu sebagai tersangka pada Jumat (10/11/2017).
"KPK menerbitkan sprindik atas nama SN (Setya Novanto) bersama ASS (Anang Sugiana Sudihardjo), dan Andi Agustinus, melakukan tindak pidana diduga dengan tujuan menguntungkan diri sendiri dan orang lain atau kedudukannya sehingga merugikan negara sebesar Rp2,3 triliun," kata Wakil Ketua KPK, Saut Situmorang.
Kemudian Novanto, melalui kuasa hukumnya, Fredrich Yunadi, melaporkan dua pimpinan KPK, Agus Rahardjo dan Saut Situmorang serta beberapa penyidik KPK karena diduga menyalahgunakan wewenang dan penerbitan sprindik palsu.
Novanto sudah dipanggil sebagai tersangka pertama kali setelah menang di praperadilan, Rabu (15/11/2017). Namun Novanto mangkir, dengan alasan KPK harus meminta izin Presiden jika ingin memeriksanya anggota DPR.
Karena selalu mangkir dari agenda pemeriksaan, penyidik KPK datang ke rumah Novanto untuk menjemputnya, Kamis (16/11/2017). Namun Novanto pergi meninggalkan rumah tanpa izin keluarga.
Sehari setelahnya, Novanto terlibat dalam kecelakaan, mobil yang ditumpanginya menabrak tiang penerangan. Akibat kecelakaan itu, Novanto mengalami luka hingga harus dirawat di Rumah Sakit Medika Permata Hijau.
Saat itulah, penyidik KPK datang menemui Novanto. Atas rekomendasi dokter, Novanto dipindahkan ke RSCM pada Jumat (17/11/2017). Dua hari kemudian, Minggu (19/11/2017), dokter menyatakan kondisi Novanto membaik, tidak perlu dirawat di rumah sakit, sehingga KPK langsung melakukan penahanan.
Setelah menahan Novanto, KPK bergerak cepat dengan memanggil sejumlah saksi. KPK tidak ingin "kecolongan" lagi dan yakin mengalahkan Novanto pada praperadilan kedua.
“Sudah pasti siap (hadapi praperadilan), seratus persen, jangan takut. Tidak usah pakai strategi, praperadilan kan hak dia, hak membela diri tidak usah takut hadapi praperadilan,” ucap Wakil Ketua KPK, Basaria Panjaitan.